Nasceu no dia 1º de abril de 1817, sendo chamado de Ooji Sendirou. Seus pais chamavam-se Jirou Uemon Kiyoyoshi e Kuni Uemon Kiyoyoshi. Desde criança, devido à influência familiar, apreciava as artes literárias, dominando as artes da caligrafia, literatura e poesia. Mesmo na infância foi considerado uma das pessoas mais célebres na literatura da Era Meiji. Aos 9 anos já fazia parte do seleto grupo de calígrafos e pintores de Heian Jinbutsushi, um diretório de pessoas bem conhecidas em Quioto naquele período. Antes de completar 30 anos, ele viajou para Edo para estudar com Kodo Matsuzaki, erudito confucionista, e alcançou a grandeza como poeta waka e calígrafo.
Nissen Shounin tinha uma promissora carreira como um grande calígrafo ou estudioso da literatura clássica japonesa, mas na sua juventude experimentou a impermanência da vida em dois momentos: o falecimento de sua mãe, e pouco tempo depois ele mesmo adoeceu gravemente e isto quase o levou à morte. Impactado com esses eventos, ele conheceu e foi influenciado pelos ensinamentos budistas. Foi neste período que foi convidado para apresentar a sua pintura e caligrafia no templo Honnoji (um dos templos fundados por Nitiryu Daishounin), e lá ele encontrou os ensinamentos do Caminho Primordial do Sutra Lótus e estabeleceu sua fé no Mantra Sagrado NAMUMYOUHOURENGUEKYOU.
Aos 32 anos de idade, ao se deparar com a obra de Nitiryu Daishounin “Verdadeira adesão ao sacerdócio” (Shinjitsu Shukkeron), ingressou na carreira sacerdotal no Templo Ryusenji, na Ilha Awaji, tendo Nitiyou como seu mestre, e tendo o nome de Seifu.
Assim como os grandes mestres Nitiren Daibossatsu e Nitiryu Daishounin, foi perseguido e caluniado. Naquela época os ensinamentos budistas estavam distorcidos, pois o Budismo se transformou num grande aliado do estado em sua política anti-cristianismo.
No período Tokugawa, o Budismo se submeteu ao sistema Danka, onde todas as famílias eram obrigadas a se filiar a um templo, garantindo assim que não fossem cristãs. Por esse motivo, os templos e monges se acomodoram na missão de propagar e ensinar a doutrina budista ao povo, e os ensinamentos estavam distorcidos de acordo com os interesses políticos, o que cunhou até uma expressão para o budismo japonês: Soshiki-Bukkyo ou ¨budismo de funeral¨ – uma forma de descrever a situação do budismo em que as pessoas apenas conduziam funerais e serviços comemorativos budistas, raramente envolvendo-se em atividades budistas em suas vidas diárias. Até hoje muitas religiões budistas japonesas têm os funerais como principal prática.
Com o objetivo de recuperar o propósito original do budismo – uma religião para pessoas nesta vida, Nissen Shounin fundou historicamente a Honmon Butsuryu-Ko (posteriormente Honmon Butsuryu-Shu), no dia 12 de janeiro de 1857. Deste dia em diante, passou a chamar-se Nagamatsu Nissen.